Ipil pada awalnya bernama Sanito, yang merupakan sebuah tempat di barrio Bacalan, yang terletak di Kabasalan, provinsi Zamboanga. Sanito secara resmi memisahkan diri dari Kabasalan dengan mengganti namanya menjadi Ipil dan dibentuk sebagai munisipalitas tersendiri di provinsi Zamboanga pada 26 Juli 1949 melalui Executive Order No.249 yang dikeluarkan oleh Presiden FilipinaElpidio Quirino.
Setelah provinsi Zamboanga dipecah menjadi dua, yaitu Zamboanga Utara dan Zamboanga Selatan pada 6 Juni 1952 melalui Republic Act No.711, Ipil menjadi bagian dari provinsi Zamboanga Selatan.
Pada 4 April 1995, munisipalitas ini pernah menjadi tempat dimana sebuah penembakan terhadap warga sipil, penjarahan bank serta tempat usaha, 30 orang disandera dan pembakaran pusat kota yang dilakukan oleh sekitar 200 militan Abu Sayyaf, yang menewaskan 53 orang serta menghancurkan hampir seluruh kota.
Pada 22 Februari 2001, Ipil menjadi bagian dari Zamboanga Sibugay, yang resmi dibentuk sebagai provinsi terpisah dari Zamboanga Selatan melalui hasil plebisit dan ditetapkan sebagai ibu kota provinsi baru tersebut.