YTHDF2

YTHDF2
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4RDN, 4RDO, 4WQN
Ідентифікатори
Символи	YTHDF2, HGRG8, NY-REN-2, CAHL, YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 2, DF2
Зовнішні ІД	OMIM: 610640 MGI: 2444233 HomoloGene: 32302 GeneCards: YTHDF2
Онтологія гена Молекулярна функція • N6-methyladenosine-containing RNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding Клітинна компонента • гіалоплазма • P-body • клітинне ядро • цитоплазма • центр організації мікротрубочок • cytoplasmic ribonucleoprotein granule Біологічний процес • humoral immune response • positive regulation of cap-independent translational initiation • regulation of mRNA stability • embryonic morphogenesis • mRNA destabilization • oocyte maturation • negative regulation of Notch signaling pathway • endothelial to hematopoietic transition • regulation of hematopoietic stem cell differentiation • regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation • диференціація клітин • Оогенез Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	51441	213541
Ensembl	ENSG00000198492	ENSMUSG00000040025
UniProt	Q9Y5A9	Q91YT7
RefSeq (мРНК)	NM_016258 NM_001172828 NM_001173128	NM_145393
RefSeq (білок)	NP_001166299 NP_001166599 NP_057342	NP_663368
Локус (UCSC)	Хр. 1: 28.74 – 28.77 Mb	Хр. 4: 131.91 – 131.94 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

YTHDF2 (англ. YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 1-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 579 амінокислот, а молекулярна маса — 62 334.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSASSLLEQR		PKGQGNKVQN		GSVHQKDGLN		DDDFEPYLSP		QARPNNAYTA
MSDSYLPSYY		SPSIGFSYSL		GEAAWSTGGD		TAMPYLTSYG		QLSNGEPHFL
PDAMFGQPGA		LGSTPFLGQH		GFNFFPSGID		FSAWGNNSSQ		GQSTQSSGYS
SNYAYAPSSL		GGAMIDGQSA		FANETLNKAP		GMNTIDQGMA		ALKLGSTEVA
SNVPKVVGSA		VGSGSITSNI		VASNSLPPAT		IAPPKPASWA		DIASKPAKQQ
PKLKTKNGIA		GSSLPPPPIK		HNMDIGTWDN		KGPVAKAPSQ		ALVQNIGQPT
QGSPQPVGQQ		ANNSPPVAQA		SVGQQTQPLP		PPPPQPAQLS		VQQQAAQPTR
WVAPRNRGSG		FGHNGVDGNG		VGQSQAGSGS		TPSEPHPVLE		KLRSINNYNP
KDFDWNLKHG		RVFIIKSYSE		DDIHRSIKYN		IWCSTEHGNK		RLDAAYRSMN
GKGPVYLLFS		VNGSGHFCGV		AEMKSAVDYN		TCAGVWSQDK		WKGRFDVRWI
FVKDVPNSQL		RHIRLENNEN		KPVTNSRDTQ		EVPLEKAKQV		LKIIASYKHT
TSIFDDFSHY		EKRQEEEESV		KKERQGRGK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 doi:10.1038/nbt1240
• Li F., Zhao D., Wu J., Shi Y. (2014). Structure of the YTH domain of human YTHDF2 in complex with an m(6)A mononucleotide reveals an aromatic cage for m(6)A recognition. Cell Res. 24: 1490—1492. PMID 25412658 doi:10.1038/cr.2014.153

Див. також

• Хромосома 1